Sebagai salah satu madrasah terbaik di Indonesia, MAN Insan Cendekia (IC) Kota Batam memiliki beberapa program unggulan yang dirancang untuk menyukseskan proses pembelajaran siswa di madrasah. Salah satu programnya ialah Pengasuhan antara Guru Asuh dan Siswa Asuh. Pelaksanaan Program Pengasuhan berlangsung setiap hari Kamis mulai pukul 16.00 - 17.15 WIB.
Pembentukan karakter siswa dan ketaatan dalam beribadah kepada Allah SWT harus ditanamkan sejak dini bukan hanya melaksanakan amalan yang wajib tetapi juga yang sunnah, salah satunya adalah sholat Dhuha. Di MIN 2 Batam kegiatan sholat dhuha dilaksanakan setiap hari rabu untuk kelas 6 dan kamis untuk kelas 4 dan 5 bertempat di Musholla Nurul Ilmi.
Organisasi Siswa Intra Madrasah (OSIM) baik di Madrasah Tsanawiyah (MTs) maupun di tingkat Madrasah Aliyah (MA) mempunyai peran strategis dalam kegiatan di Madrasah. Keberadaan mereka menjadi ujung tombak baik tidaknya suatu kegiatan berjalan di Madrasah masing-masing.
Siswa-siswi kelas 4 menggelar kegiatan Projek Penguatan Profil Pelajar Pancasila dan Rahmatan Lil 'Alamin (P5PPRA) Fase B dengan Tema: "Gaya hidup berkelanjutan mengurangi sampah plastik dan memilah sampah organik dan anorganik"
Tim Keuangan MAN Insan Cendekia (IC) Kota Batam berkesempatan mengikuti kegiatan Asistensi Penyusunan Laporan Keuangan Tahunan yang diselenggarakan oleh Kantor Wilayah Kementerian Agama Prov. Kepulauan Riau di Hotel Golden View, 22-25 Januari 2024. Adapun tim keuangan yang diutus ialah Eni Midiarti,SE., Fiqih Qomaruzzaman ZK, S.Tr.Kom., Nila Khoiri, A.Md.Kom., dan Fathul Khoir, S.Kom.
Sebagai madrasah unggulan nasional, MAN Insan Cendekia (IC) Kota Batam memiliki segudang prestasi setiap tahunnya, mulai dari tingkat kota, provinsi, nasional bahkan internasional. Setiap tahun, animo masyarakat untuk mendaftarkan putra-putrinya sekolah ke MAN IC Batam terus meningkat.
